פרוביוטיקה הם מרכיבי מזון המשפיעים לטובה על פלורת המעיים. הרבה חיידקים נמצאים בדרכי המעי: אלה נקראים "פלורת בטן". חיידקים אלה עשויים להועיל לחיידקים המקדמים בריאות או להלחם עם חיידקים פתוגניים שיש להם פוטנציאל לגרום למחלות.
פרוביוטיקה פעילה גם בפחמימות שלא מתעכלות על ידי הכלב או החתול. פרביוטיקה זו מגיעה ללא עיכול במעיים, ושם הם משפיעים על אוכלוסיית החיידקים במעיים.
ישנה פרה-ביוטיקה כמו FOS (פרוקטו-אוליגוסכרידים) המשמשים כמקור מזון לחיידקים הטובים (לקטובצילים וחיידקי ביפידו) בעוד שהם לא יכולים לשמש את החיידקים הפתוגניים.
על ידי הוספת FOS לתזונה מגרים גידול של חיידקים טובים בזמן שמדכאים חיידקים רעים.
